• Seznamy vyšetření/On-line objednávka
  • Molekulární genetika
  • Molekulární mikrobiologie
  • GENETICKÁ ANALÝZA POTRAVIN
 
• LABORATOŘ
  • Naše projekty
  • Přednášky a vzdělávací akce
  • Certifikáty
  • Dokumenty ke stažení
  • Fotogalerie
  • Náš tým
  • Obchodní podmínky
 
• KONTAKT

SEZNAMY VYŠETŘENÍ

MOLEKULÁRNÍ MIKROBIOLOGIE

Molekulární detekce mikroorganismů (molekulární mikrobiologie) je nové a progresivní odvětví klasické mikrobiologie, které má svou diagnostickou úlohu tam, kde klasická mikrobiologie, založená na kultivacích mikroorganismů, není dostatečná anebo diagnosticky selhává vzhledem ke svým technologickým limitacím.

Klasická kultivační mikrobiologie

Klasická mikrobiologie je diagnostický obor, který pracuje s kultivačními podmínkami mikroorganismů (bakterií, hub, virů) a jejich biochemickými vlastnostmi. Předpokladem identifikace je úspěšné vykultivování mikrobiálního agens ve vhodné kultivační půdě a následně jeho identifikace (morfologická, biochemická, MALDI-TOF). U vykultivovaných agens se stanovuje antibiotický/antimykotický profil. Nicméně pokud se jedná o mikroorganismy nekultivovatelné (např. Ehrlichie, Borrelie, Chlamydie apod.), obtížně kultivovatelné (např. viry nebo přísně anaerobní organismy), nebo mikroorganismy se sníženou fitness (nevhodně odebraný vzorek, dlouhá doba transportu, nevhodné podmínky odběru nebo transportu), klasická kultivační mikrobiologie selhává.

Molekulární mikrobiologie

Molekulární mikrobiologie nepracuje s kultivačními vlastnostmi mikroorganismů, ale je založená na identifikaci jejich nukleových kyselin (DNA nebo RNA). Podle svých unikátních individuálních DNA/RNA profilů jsou mikroorganismy ve vyšetřovaném materiálu nejenom detekovány, ale je určena i jejich kvantita. Kvantitativní nález je mimořádně důležitý pro posouzení kauzality nálezu, kdy především u primárně nesterilních materiálů (vzorky biologického materiálu s očekávanou směsnou mikroflórou), kde lze předpokládat přítomnost vícero mikrobiálních agens, je důležité stanovením jejich kvantity určit jejich potenciální důležitost u daného klinického případu.

Výhody a přidaná hodnota molekulární mikrobiologie

• Molekulární mikrobiologie není závislá na kultivačních nárocích mikroorganismů, které mohou být v řadě případů velmi specifické; molekulární mikrobiologie pracuje výlučně s DNA/RNA profily mikroorganismů.
• Molekulární mikrobiologie nemá omezení v typu vyšetřovaného materiálu – jakýkoliv materiál biologického původu je vhodný k vyšetření. Molekulární mikrobiologie pracuje v hodinách (cílená kvantitativní detekce pomocí patogen-specifických sond a kvantitativní Real-Time PCR technologie) nebo v několika málo dnech (kvalitativní nebo kvantitativní pandetekce bakterií a hub založená na sekvenování DNA pomocí Sangerova sekvenování nebo NGS – Next Generation Sequencing).
• Molekulární mikrobiologie je tudíž metodou volby v případech, kdy je nález z klasické mikrobiologie (kultivace) negativní nebo nejasný (je vykultivován mikrob, který však není kauzálním agens), nebo se jedná o hyperakutní infekční stavy (sepse, meningitidy a pod), anebo je potřeba vyšetřit vzorek, kterého je minimální množství (molekulární mikrobiologie pracuje s amplifikačními technikami). Bakterie nebo houby, způsobující komunitní infekce (nejedná se o nemocniční nozokomiální infekce, které představují specifický diagnostický případ) mají v naprosté většině případů svůj jasně daný přirozený antibiotický/antimykotický profil a lze je úspěšně eradikovat na základě znalosti jejich identity.
• Molekulární mikrobiologie nedokáže komplexně stanovit antibiotický/antimykotický profil (rezistence) mikrobů. Rezistence mikrobů na antimikrobní látky je fenotypový znak a genetický test jej tudíž nedokáže v plné šíři postihnout. Řada mikroorganismů je nicméně natolik kultivačně náročná, že stanovení antimikrobiální profilu (včas anebo vůbec) není ani možné.

Využití molekulární mikrobiologie

Molekulární mikrobiologie má své jasně definované diagnostické postavení převážně tam, kde klasická mikrobiologie, založená na kultivacích mikroorganismů selhává, buďto díky svým technickým limitacím (obtížně kultivovatelné/nekultivovatelné agens) anebo nedostatečné rychlosti (několik dnů až týdnů potřebných k úspěšné kultivaci a identifikaci).